Thèse financée par l’UE à l’Institut Pasteur DC7 : impact du microenvironnement sur la colonisation et la virulence des bactéries entériques

Cibler la résistance aux antimicrobiens par l’étude des adhésines bactériennes

Souches, diagnostics et variants

StraDiVarious est un réseau doctoral européen qui étudie les variants de souches de pathogènes ESKAPE afin de développer des diagnostics rapides et d’identifier de nouvelles cibles thérapeutiques.

Notre hypothèse est que de petites variations structurales dans les facteurs de virulence modulent la virulence de différentes souches bactériennes d’une même espèce et influencent le cours de l’infection. Cette variabilité reste insuffisamment explorée, alors qu’elle pourrait permettre de distinguer rapidement des souches fortement virulentes de souches peu virulentes ou colonisatrices, d’orienter les traitements et de réduire l’usage inutile des antibiotiques ainsi que le risque de résistance antimicrobienne.

Notre travail est interdisciplinaire et collaboratif : microbiologistes, cliniciens, bioinformaticiens, biologistes structuraux, biologistes cellulaires et bioingénieurs travaillent sur différents aspects des souches et variants bactériens. L’accent est mis sur les adhésines bactériennes, facteurs de virulence essentiels au premier contact avec l’hôte infecté et à l’établissement de l’infection.

Quinze doctorantes et doctorants seront recrutés pour réaliser leur thèse entre 2026 et 2029. L’appel à candidatures ouvre le 12 novembre 2025 : https://www.stradivarious.eu/apply

Notre groupe propose le projet DC7 : impact du microenvironnement sur la colonisation et la virulence des bactéries entériques, dans le WP2 consacré aux interactions hôte-cellule médiées par les adhésines dans les infections.

La personne recrutée étudiera l’impact du microenvironnement de l’intestin humain sur la colonisation et la virulence de pathogènes bactériens entériques (EHEC). Le projet utilisera un modèle de côlon humain hautement physiologique combinant des organoïdes coliques dérivés de patients et des organes sur puce, permettant de moduler des paramètres clés de l’environnement intestinal : stimulation mécanique, péristaltisme, stress de cisaillement et métabolites du microbiote. Plusieurs souches d’EHEC différant par leurs adhésines ou leurs pili de type IV seront utilisées afin de caractériser leur colonisation, leur adhésion et l’effet des signaux environnementaux intestinaux sur leur virulence.

Le travail sera mené en étroite collaboration avec d’autres groupes du réseau travaillant sur les récepteurs des cellules hôtes et le développement de stratégies anti-adhésion. Le poste offre donc des opportunités de stages chez des partenaires académiques et industriels.

Les méthodes incluront la génération d’organoïdes coliques humains, la maturation de barrières dans des organes sur puce, des essais d’infection modulant forces mécaniques et métabolites du microbiote, de l’imagerie sur cellules vivantes et fixées pour quantifier l’adhésion et la colonisation bactériennes, des comptages CFU, des essais de perméabilité de barrière, l’immunofluorescence et la RT-qPCR.

Informations projet : https://www.stradivarious.eu/project/dc7-impact-of-microenvironment-on-colonisation-and-virulence-of-enteric-bacteria

Dates clés

• 12 novembre 2025 : ouverture des candidatures.
• 6 janvier 2026 : date limite de candidature.
• 9 et 13 février 2026 : entretiens en ligne ; les candidates et candidats doivent être disponibles les deux jours.
• Mars 2026 : envoi des offres aux personnes retenues.
• Août-septembre 2026 : début des contrats.